L’ENSISA opère deux Masters de l’Université de Haute-Alsace, Automatique et Informatique Industrielle (spécialités Automatique, Signal et Image et Systèmes embarqués communicants) et Mécanique (spécialités Génie Mécanique et Mécanique et Sciences des Fibres), adossés aux deux laboratoires de recherche. Ces deux formations préparent aussi bien à une insertion professionnelle qu’aux métiers de la recherche (poursuite en doctorat). L’admission en M1 et M2 relève des conditions de l’université.