L’ENSISA opère deux Masters de l’Université de Haute-Alsace, Mention Automatique et Informatique Industrielle et Mention Mécanique, adossés aux deux laboratoires de recherche. Ces deux formations préparent aussi bien à une insertion professionnelle qu’aux métiers de la recherche (poursuite en doctorat). L’admission en M1 et M2 relève des conditions de l’université.